开始是东林党和齐、楚、浙三党之争，后来演变为东林党与阉党之争。
明神宗皇后无子，王恭妃生子常洛，郑贵妃生子常洵即福王，常洛为长。但神宗宠爱郑妃，欲立常洵，乃迁延不立太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等先后依违其间。
东林党人上书反对，各党派又群起反对东林。于是有“国本”之争、三王并封之争、福王就国之争、“三案”之争、“李三才入阁”之争，东林党与它的反对派在立太子问题上展开了长达20余年的争论。
最后，神宗终于立常洛为太子，勋戚郑氏的权势受到一定的压抑。但东林党推李三才为相的愿望也没能实现。
熹宗天启时，统治阶级内部的党争愈演愈烈。最初，东林党人叶向高、邹元标、杨涟、赵南星等人得到执政的机会，浙、昆、宣各党派一度受到排斥。
为时不久，以魏忠贤为首的阉宦与浙、齐、楚、宣、昆各党中的一部分人结成联盟，被东林党称为“阉党”，异军突起，魏忠贤是司礼秉笔太监，又提督东厂，爪牙有五彪、十狗、十孩儿、四十孙等名目，朝廷内外，“遍置死党”，从而把持朝纲，为所欲为。
东林党人激烈反对“阉党”掌权。
在党争的过程中，东林党人反对以皇帝为首的当权派的胡作非为，反对王公、勋戚对土地的掠夺，反对矿监、税使的横征暴敛，代表了人民的愿望，得到了市民的支持拥护。
但明末激烈的党争大大削弱了明朝的力量。
“东林党的人才基础雄厚，这是其一，其二，东林党的历史也远比九千岁早，人家已经发展了四五十年了，咱们才刚搞了没几年，所以，盲目而动，再过十年二十年，也伤不到东林党的根本。”韦宝见魏忠贤半天不吭声了，以为老小子还在犹豫，进一步游说道。
“咱家乏了，你先退下吧。”魏忠贤闭着眼睛道。
韦宝大汗，老子说的这么好，这么透彻，你还犹豫个毛啊？赶紧拍板，
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