慢有所恢复，但与当初也有所不同。其中，最大的区别就是数量减少了很多，即原本郑芝龙时期数量庞大、型号杂乱的渔船、货船什么的都被剔除出了水师队伍，郑氏集团也不再给他们发放赏赐或津贴，军民分离执行得非常坚决。
取代这些船只的，是郑成功设在马尾的造船厂仿造的一艘艘专业战船（看来无论是东西方，专业战舰和武装商船的逐渐分离都是大势所趋）。这些战船说实话技术并不怎么先进，但可以看得出来努力吸收了许多西洋帆船的技术特点，吨位也一般，火力马马虎虎，但专业战舰就是专业战舰，不是他老子时期那些乱七八糟的杂号小船可比的。唯一的缺点，大概就是养船、养兵的费用比较高了，毕竟这是正规军了，平日里要训练、要发饷，不像他老子郑芝龙时期，平日里除少数核心舰船有饷银外，大部分小船上的水手都是靠捕鱼、运货为生，只有征召时才会有一些赏赐发下，两者的维持成本完全不是一回事。
当然郑氏也知道自己的造船水平有很大局限，中国风格的船只船底较平，吃水浅，风范操作不便，不利于深海航行，因此多年来郑成功及郑经父子也一直在努力搜罗西洋技师帮他们造船，并吸收他们的造船思想，这些人部分来自两家东印度公司，部分来自当年东葡战争时期从澳门城流散出来的，水平还算可以，有效提升了郑氏集团的造船水平。
此外郑氏也通过几次难得的机会，从东岸人那里进口了多艘“雅克萨”级武装运输舰。这款由黑水造船厂设计的经典船型非常适合远东地区的海况，航速也较快，可以拿来做战舰，也可以做商船，用途较广，郑氏目前已在马尾造船厂内进行仿制，据说进度还不错。
从这里就可以看出，福建水师的力量其实是颇为不弱的，而且还能持续性补充，这就很令人警惕了。南方保安司令部曾经根据手头的信息，仔细评估过福建水师的战斗力，最后得出其整体实力可能还高于东岸人的第三舰队鄂霍茨克海分舰队，因为其船只数量众多，水手数量也是东岸人的十倍以上。
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