逐渐被淤泥填塞，从淤泥中的微生物化石可以显示其形成年代。绝大多数的湖泊，特别是冰河时期的湖泊，都形成于15万年前到1万年前。然后这些湖泊渐渐被沉积物填满，变成季节性沼泽、沼泽，最后彻底干涸。最近的研究表明贝加尔湖不是一个即将消失的湖泊，而是一个处于初始期的海洋。和非洲洲东部的红海一样，贝加尔湖的湖岸每年以两厘米的速度向两边拉开。贝加尔湖拥有作为许多海洋的典型特征——深不可测，巨大的库容、暗流、潮汐、强风暴、大浪、不断变大的裂谷、地磁异常等等。贝加尔洼地是不对称的，西部的坡面比东部更加陡峭。
从地质构造上看，贝加尔湖是一个断谷的凹部，一个深入到地下15-20千米深处的大裂口。贝加尔湖和它的汇水区是世界上一个独特的地质体系。贝加尔湖位于西伯利亚东部中心地区，距离其西南边的亚洲大陆地理中心乌鲁木齐县约1600千米。贝加尔湖的山谷洼地是西伯利亚地区重要的自然屏障。这一自然屏障将不同的动植物区分开，在这里生长着许多独特的生物群落。
贝加尔湖位於一很深的构造山谷地带，四周高山围绕，有的高出湖面2000米。湖底沉积层厚达6100米。岸边有死火山遗址。
湖底谷地两岸地形不对称，西岸为陡坡，东岸坡势较缓。8的湖底很浅，只有50米（160呎）深。曲折的湖岸线总长2100千米，在巴尔古津湾、奇维尔库斯基(chivyrkuysky)湾和普罗瓦尔湾，以及阿亚亚(ayaya)小港和弗罗里哈(frolikha)小港等处有很大的凹入处。东岸有一半岛伸入湖中，名圣角(svyatoynos)半岛。湖中有27个岛屿，最大的岛屿是奥利洪达岛（长717千米，最宽15千米，面积约为730㎞?）。大乌什卡尼(bolshoyhkany)岛面积8㎞?。
地壳运动尚在继续，偶尔发生强烈地震；每年贝加尔湖大约会发生两千次地震(未完待续。)