听在心中的。黄承玄也是有感而发，亦知福建推广番薯已当成一桩大大功绩上报朝廷，自己横加阻止也不符现实情况，毕竟福建情况特殊。但他真不愿看到百姓人人面黄饥色，官府却将不饿死当成功绩。
浙党出身的这位巡抚大人回到衙门后便向朝廷上了一本《条议海防事宜疏》。疏中，黄承玄写道，今澎湖游兵裁其大半矣，余兵积弱不堪战守，须择精壮兵丁、杂流千余人往充之守其地者往往畏途视之，后汛而往、先汛而归，至有以风潮不顺为辞，而偷泊别澚者。则有守之名，无守之实矣。”
黄承玄认为必须加强澎湖巡检所，必要时候当在那里设参将管辖，多派强壮兵丁，增设水营，官兵轮训，不使长期驻扎，这样就不会有长驻官兵因隔海无归偷偷弃营逃跑。
黄又提议，鉴于福建实在是贫困，百姓出路不多，故当派兵往鸡笼（台湾）驱赶倭寇海盗及西夷诸盗，一方面从福建迁移汉民开垦鸡笼，另一方面则教化当地土著，如此便能使鸡笼成为福建百姓生活出路。鸡笼气候适宜，只要朝廷坚持此策，不须数十年，只需二十年左右，鸡笼必定能沃土千里。
上完此疏后，黄承玄便召福建水师提督侯安之前来抚衙，见面之后开口便问侯安之：“闽兵还能战否？”
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