议政的形式，还有一样要紧物事，也是要改的——藏军。
国初的时候，西藏并没有正式的军队，平时就是耕作、放牧的普通百姓，既不进行军事训练，更没有固定的编制，遇有战事，当政者按各部落大小，征调“差兵”，并由服役者自备马匹、粮草、武器。
这样的军队，能有什么战斗力？敌人稍稍强悍一些，便一触即溃。所以，西藏碰到蒙古，一点法子也没有，先后受制于和硕特、准噶尔，全然动弹不得。同廓尔喀见仗，也是一败涂地。
有鉴于此，平定廓尔喀之乱后，高宗命西藏组建了一只三千人的正规部队，额设“代本”六员，四品官，每人辖五百人，一切军需物资皆由噶夏政府发给。
这支所谓的“正规部队”，战斗力也十分可疑，平日纪律松懈，训练水平低下，基本是三天打鱼、两天晒网的状态，且一直缺额严重，不过聊胜于无罢了。
这个情况，噶夏政府和驻藏大臣都是心知肚明的，可是，噶夏政府的噶伦们，忙着争权夺利，根本顾不上这些；驻藏大臣呢，睁一只眼，闭一只眼，只当没看见——在这个问题上，朝廷是精神分裂的：既希望外敌入侵西藏的时候，当地政府可以分担朝廷的压力，又不愿意西藏真正拥有自己的战力强悍的军队。
不过，实话实说，密宗深入人心之后，藏人的民族特性便发生了根本性的变化——藏人已经打不了仗了。那个曾经压得盛唐时候的中国喘不过气来的吐蕃，早已烟消云散，永远不可能复现了。
因此，瞻对之乱时，西藏举全藏之力，还是拿不下贡布朗杰，最后还是由汉员带队，才勉强把瞻对兵赶出了理塘。
关卓凡改革藏军，亦非为了增加藏军的战斗力，而是要把这支军队的指挥权，抓在朝廷手里，不过，用的名义，还是藏军战力低下，不能不大加整顿。
怎么整顿呢？嗯，仿绿营例，由轩军负责对藏军进行“整编”——这个，全国上下一盘棋，西藏也不例外嘛。
这样一来，藏
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