冲突的做法，但在当龙族出现在世界面前并正式宣布同样加入统合之后，基于种种不同的原因，反倒也还真让这个地球莫名其妙的变得安稳了不少。
就这两三天时间里，联邦军方选择投降，联邦政府解散，吉翁宣布加入统合，又冒出了一个竟然一直隐藏着的龙族，简直是颠覆了这个世界绝大多数人曾经的观念，莫名的对未来充满了新的希望。
而就在这样的情况下，第三新东京市地下空间里，也开始了新型eva的测试，测试的机师是原本二号机的机师明日香成为了新eva的测试机师，一次原本应该只是形式上的测试流程，却忽然之间变成了另一次危机的开始。
新的eva因为使徒的感染成为了进攻第三新东京市核心的新使徒，并且还是在nerv自己带进了地下空间当中，新的eva彻底失控，碇源渡所做的一切准备全部失效，而且处于使徒之中的明日香状况不明。
与此同时，重新汇合在一起没有多久的胜利舰队，就接到了来自于nerv的紧急救助通讯，碇源渡黑着脸发过来的通讯。