在蛋里，神奇宝贝蛋有坚硬的外壳保护它的成长。蛋的外形通常会有所属的神奇宝贝的花纹。和现实世界的动物一样，神奇宝贝会竭力保护它们的蛋，把蛋守护在离它们很近的地方。在成长到一定程度后，神奇宝贝就会从蛋中孵化出来。神奇宝贝孵化所需要的时间依神奇宝贝的种类而有所不同，但若把蛋存放在电脑里，蛋的成长就会暂停。
有些神奇宝贝有幼年型态。幼年型态的神奇宝贝在进化之后，就可以进行繁殖。许多存在幼年型态的神奇宝贝的蛋只会孵化成为幼年型态；然而有些神奇宝贝的蛋一般会孵化成略成熟一些的型态，只有在生蛋时携带对应的熏香，才会使蛋孵化成幼年型态。
食物：
在神奇宝贝图鉴中，曾多次提到一些神奇宝贝会以其它种类的神奇宝贝为食，比如比雕会从水中捕捉鲤鱼王。一些地方也提到人类会食用神奇宝贝，比如主角妈妈的红莲火山汉堡，火箭队兜售的美味尾巴。大葱鸭也因为被过度捕食而数量锐减。一些神奥传说中也提到了食用神奇宝贝，其中称如果把它们的骨头捡干净放回它们原先所在的地方，神奇宝贝就会获得重生。
分类：
神奇宝贝分布在不同的地区，并由当地的神奇宝贝博士统计，编成神奇宝贝图鉴。大木博士统计了关都地方存在的151种神奇宝贝，和不同地区的神奇宝贝编成全国图鉴，在关都地方、城都地方、丰缘地方、神奥地方、合众地方、卡洛斯地方，一共有719种神奇宝贝存在。
神奇宝贝也依据属性进行划分，不同属性的神奇宝贝有所克制和所不利的属性，属性一共有18种，神奇宝贝可以有一个或两个属性。
地理和自然：
神奇宝贝世界和现实世界在地理上有相似之处。都有大6、海洋和适合生物生长的天气气候，所以神奇宝贝世界的体积和与恒星间的距离均与地球相近，有相似的月亮，相似的气候和潮汐。许多地方也揭示了神奇宝贝世界和现实世界存有相关之处。
人类和自然在神奇宝贝世界和谐相处，许多城镇依自然环境而建。值得一提的是，和现实世界不同，神奇宝贝世界中的人类和自然有着更紧密的联系，除了极少数的敌对组织之外，人类的建设极少影响到自然环境。固拉多和盖欧卡等神奇宝贝还可以影响自然环境，带来无法解释的干旱、暴雨和地震。
神奇宝贝世界分为多个地区，包括关都、城都、丰缘和神奥地方等。除了这些地区之外，还有不属于任何一个地区的岛屿，岛屿之间可以组成群岛，比如橘子群岛、杰可罗拉群岛和七岛。虽然地区之间有一些共同点，但也有一些显著的不同，比如神奇宝贝的分布，神话、历史以及传说。无论从气候还是人文方面，从不同地区前来的游客都能感受到当地与家乡的不同。由于术语全国图鉴的存在，这些地区可能同属一个国家，亦或整个世界是唯一的一个国家。在神奇宝贝主系列游戏中只有5个地区，欧雷和菲蕾地方等地则在其它游戏中出现。动画中另外还提到了一些小型的王国，位于难以到达的地方。
关都、城都、丰缘、神奥地方的地理与现实世界日本的地区具有相似之处。关都地方可以对应日本的关都地方和中部地方的东部，而城都地方则对应中部地方的西部和关西地方，丰缘地方对应日本的九州地方和冲绳县一部分，神奥地方的设计原型则是北海道、国后岛和库页岛的一部分。
合众地方的设计原型则是来源于纽约，似乎于不同以往，但也体现了设计者的深意。卡洛斯地方的设计原型则是来源于法国。
气候：
许多地区都有不同的气候。较南方的地区和岛屿例如丰缘地方和橘子群岛相较北方显然更暖和。而神奥地方则比其它地区要凉爽，并且因为发生的气候变化更变得愈发寒冷。在神奥北部还有常年的积雪。一些神奇宝贝比如固拉多、盖欧卡、烈空坐可以影响气候和天气。
神奇宝贝世界同样有天气变化，有阴晴雨雪和水循环。许多在地球上存在的天气在神奇宝贝世界当中同样存在，例如下雨、冰雹、下雪、浓雾、沙尘。神奇宝贝世界有植物和树木的正常生长，所以可以推断碳循环、氮循环在神奇宝贝世界同样也是存在的。
环境：
神奥地方最高的山峰天冠山，顶上是破格的世界的入口
神奇宝贝世界的自然环境与地球相近，树木聚集形成森林，不毛之地成为沙漠，松软的沙粒形成吸引人类和神奇宝贝游玩的海滩。丰缘和神奥地方还有热带雨林和大片雪地等多种丰富的环境。
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