零得到任务的第二天小智一行人就抵达了冲岛，在他们发现小洛奇亚的同时火箭队也展开了行动。
抓捕小洛奇亚引来大洛奇亚，南波博士的目的是以洛奇亚的力量为基础开发新的能源。在南波博士看来人类是被神选上的生物，人类以外的生物都是为了服务人类而存在的。
虽然南波博士的想法十分偏激，不过不得不说这位秃顶博士在研究方面有着惊人的天赋。合众地区电浆团里的那位阿克罗玛博士以后会展开控制小精灵的研究，然而南波博士提前三年的时间就已经进行相关的研究并取得成果了。
小洛奇亚被抓，愤怒的大洛奇亚让整个漩涡列岛的天空风云变色，让天地动容的能力让远远观察的零真正见识到了海之神的可怕。
小智一行人说服大洛奇亚并和它定下约定，他们潜入火箭队的基地准备救出小洛奇亚。
零让始源队的特工伪装成火箭队的样子紧随其后，在小智等人被抓之后通过制造混乱的方式救出小智一行人，紧接着和小智他们一起救出了两只洛奇亚。
骗小智等人说自己的国际刑警，那位特工在取得了两只洛奇亚的羽毛之后抽身离去。
零亲自护送这些羽毛回到了始源队总部，始源队的科研人员用仪器仔细分析了两根羽毛蕴含的基因。
直到今天为止，他们才得出了最后的结论。
“检测结果如何？”龙野急切的问道。
“两根羽毛含有的基因有所区别。”零说出了最后的答案，“我们的科研人员已经做了好几次实验，结果都是表明它们的基因有区别。”
“哈哈，果然如此。”龙野难以平复内心的激动。他非常清楚这个结论意味着什么，或许还有其他的在未知的地方生活着呢。
“老板，根据我们对大洛奇亚行为的观测，这只洛奇亚与前段时间出现在橘子群岛的洛奇亚并不是一只。”零又说出了另外一个消息。