接受的贿赂数以亿万计。甚至在张居正去世之日，他还亲自到张家取出珠帘五副、夜明珠九颗，都是无价之宝。万岁爷理应把他的罪状公布于天下，并籍没其家产。他们的说辞娓娓动听，除了冯保的遗缺司礼监太监和东厂应由他们两人分别接替以外，所有想说的话都已说尽。但是皇帝还在犹豫：
“要是大伴上殿吵闹争辩，又当如何应付？”
宦官启奏：“万岁爷，冯保纵有天大的胆子也不敢如此妄为！”
于是依计而行，下诏宣布冯保有十二大罪，欺君蠹国，本应判处极刑，姑念尚有微功，从宽发往南京闲住。这位大伴从此终身被软禁于南京孝陵，死后也葬在孝陵附近。他的财产全部被没收。从法律观念上来说，皇帝拥有天下的一切，私人之所以得以拥有财产，这是出于皇帝的恩典和赏赐。皇家的恩典在冯保身上一经撤去，抄家即为应有的文章，无须多作解释。没收所得的财产，虽然不能像别人所说的那样骇人听闻，但也极为可观。万历皇帝对此既喜且怒：当时皇弟潞王成婚在即，这批珠玉珍异正好用得其所；而一个宦官居然拥有如许家财，可见天子的大权旁落到了什么程度!
依此类推，还应该没收张居正的财产，因为他比冯保罪恶更大而且更富。但是万历一时下不了这个决心。一提到张居正，各种复杂的记忆就会在他的心头涌集。所以，在冯保被摈斥后，有一位御史继续上本参奏张居正十四大罪，皇帝用朱批回答说，张居正蔽主殃民，殊负恩眷，但是“侍朕冲龄，有十年辅理之功，今已殁，姑贷不究，以全始终”。
然而在两年之后，即1584年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二，其一为郑氏的作用，其二为慈圣太后的干预。郑氏在1583年由淑嫔升为德妃，1584年又进为贵妃，这几年间已经成为皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己曾被申饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居正的怨毒而转到了对他有利的方面。他如何利用这种有利的形势而向慈圣示意，这同样也非外人所能获悉。
在上述两个因素之外，高拱遗著的出现，在彻底解决张居正问题中起了重要的作用。高拱生前，曾经暗中和李伟结纳，希望通过李伟向皇室婉转陈辞，说明加在他身上的罪状属于“莫须有”，全系张、冯两人所构陷。当时李伟自身难保，高拱这一愿望因此无由实现。现在张居正已经死后倒台，但皇帝还没有下绝情辣手，这时高拱的遗著《病榻遗言》就及时地刊刻问世。书中历数张、冯的罪恶而为自己洗刷，主要有两大问题。
第一，高拱坚持他在隆庆皇帝驾崩以前就已看出了冯保的不端并决意把他摈斥。冯保一贯卖官鬻爵，但最为不可忍受的是，当1572年皇太子接见百官时，他竟利用扶持之便，站在宝座旁边不肯退走。百官向皇太子叩头行礼，也等于向阉人冯保叩头行礼。这种做法充分暴露了他的狼子野心。书中接着说，当著者摈斥冯保的行动尚未具体化之前，冯保抢先下了毒手，和张居正同谋，骗得了皇太后的懿旨，把自己逐出朝廷。著者承认，他当时确实说过皇上只有九岁，但并没有任何不敬的话，而只是说新皇帝年轻，怕为宦官所误，有如正德皇帝
十四岁登极后的情况一样。张、冯二人却把他的话故意歪曲，以此作为诬陷的根据。
第二，即所谓王大臣的案件。1573年阳历二月二十日，也就是万历登极、高拱被逐以后半年，当日清晨有一个人乔装宦官在宫门前为卫士拘留。经讯问，此人供称名王大臣，以前在别人家里充当仆役，现在没有雇主。这种闲杂分子在禁卫森严的宫门口出现而被拘留询问，过去也不止一起地发生过，但这个王大臣究竟目的何在，则始终没有弄清楚。