戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。由于政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训话中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，夭也假手于人杀你！”
道德义务的劝说加上群众固有的宗教信仰，使戚继光得以在所招募的新兵中建立铁一般的纪律。上文所说的“连坐法”虽然不可能经常被不折不扣地执行，但其杀一儆百的恐吓力量已足以使部队在强敌之前不易击溃。他所制定的赏罚原则并不完全决定于战斗的胜负。即使大败，有功者仍然要给予奖赏；相反，即使大胜，作战不力和临阵脱逃者仍然要受到处罚。
在他的一本奏折里提到1562年的一次战役：他命令部队夺取一座倭寇占领的石桥，第一次进攻失败，一哨军官36人全部阵亡。第二哨继之而上，又损失了一半的人员。这时剩下的官兵企图后退。在现场督战的戚继光手刃哨长，才使攻势得以继续不衰，最终击破敌阵，大获全胜。而这次胜利，也就成了他一生中最值得纪念的事件之一。
这种严格的纪律固然是取得胜利的必要保证，但是它的残酷性也实在使人不寒而栗。士兵离队小便就会受到割去耳朵的处罚，而且据传说，戚继光的第二个儿子由于违犯军法而被他毫不犹豫地处死。这样的严刑峻法也许已经离开了通常的人情，但是，戚继光的这一治军方针终于造成了一支坚强的部队，后来他调任蓟辽总兵，有一次在大雨中向全军训话，惟独他从南方带来的3ooo名军士能几个小时屹立不动，如同没有下雨一样。
然则严峻的纪律，仅是治军方针的一面；另一方面则必需鼓舞士气。士兵的自尊心和自信心在这里起着重要的作用。一支经常被敌人打得落花流水的部队谈不上自尊和自信，必胜的信念有赖于能力和技术，而能力和技术又来自平时的刻苦训练。
戚继光的训练方法得自专家的口授。这些宝贵的经验过去由于不为人所重视而没有见诸文字。到俞大猷才作了扼要的阐述，而戚继光则把所有的细节写成了一部操典式的书本。
操练技术的主要着眼之点，可以说是用“辩证法”的原理来分解动作。每一个动作都有相对的两个方面：身体有防盖和没有防盖的两个部分：一种姿式有动有静、正面和侧面的两种因素；有攻击则同时有防御。总而言之，既有阴便有阳，有阳亦必有阴。例如操练近身武器，也和拳术或舞蹈的原则相似，任何一个姿式都可以作三段式分解，也就是开始一稍为休憩而转变一继续进行又迄于静止，用戚继光的术语来说，就是“起一当一止”。这些姿式又按其不同的形态而有各种离奇的名目，例如骑龙式、仙人指路式、铁牛耕田式、太公钓鱼式等等。运用这些动作，要求“左右来俱有拍拉”，“后发先至”。至于在实战中和敌人决斗，除了熟练地掌握以上各种基本姿式和原则以外，最重要的乃是佯攻，亦即声东击西，出其不意。
在戚继光以前，在军队中受到重视的是个人的武艺，能把武器挥舞如飞的士兵是大众心目中的英雄好汉。各地的拳师、打手、盐枭以至和尚和苗人都被招聘入伍。等到他们被有组织的倭寇屡屡击溃以后，当局者才觉悟到一次战斗的成败并非完全决定于个人武艺。戚继光在训练这支新军的时候，除了要求士兵娴熟技术以外，就充分注意到了小部队中各种武器的协同配合，每一个步兵班同时配置长兵器和短兵器。在接战的时候，全长12尺有余的长枪是有效的攻击武器，它的局限性则是必须和敌人保持相当的距离。如果不能刺中敌人而让他进入枪杆的距离之内，则这一武器立即等于废物。所以，戚继光对一个步兵班作了如下的配置：队长1名、火伕1名，战士1o名。这1o名战士有4名手操长枪作为攻击的主力。其前面又有4名士兵：右方的士兵持大型的长方五角形藤牌，左方的士兵持小型的圆形藤牌，都以藤条制成。之后则有两名士兵手执“狼筅”，即连枝带叶的大毛竹，长一丈三尺左右。长枪手之后，则有两名士兵携带“镋钯”。“镋钯”为山字形，铁制，长七八尺，顶端的凹下处放置火箭，即系有爆仗的箭，点燃后可以直冲敌阵。
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