如果把李贽的优越感和矫怖剔除不计，那么，他的思想面貌还不是难于认识的。他攻击虚伪的伦理道德，也拒绝以传统的历史观作为自己的历史观，但是在更广泛的范围内，他仍然是儒家的信徒。芝佛院内供有孔子像，他途经山东，也到曲阜拜谒孔庙。在李贽看来，儒家的“仁”、道家的“道”和佛家的“无”彼此相通，他攻击虚伪的道德，但同样不是背弃道德。
在一种社会形态之中，道德的标准可以历久不变，但把这些标准在生活中付诸实践，则需要与不同的时代、环境相适应而有所通变。李贽和他同时代的人物所遇到的困难，则是当时政府的施政方针和个人的行动完全凭借道德的指导，而它的标准又过于僵化，过于保守，过于简单，过于肤浅，和社会的实际发展不能适应。本朝开国二百年，始终以“四书”所确定的道德规范作为法律裁判的根据，而没有使用立法的手段，在伦理道德和日常生活之间建立一个“合法”的缓冲地带。因为惟有这种缓冲地带才能为整个社会带来开放的机能，使政府的政治措施得以适合时代的需要，个人独创精神也得以发挥。
这种情况的后果是使社会越来越趋于凝固。两千年前的孔孟之道，在过去曾经是领导和改造社会的力量，至此已成为限制创造的牢笼。在道德的旌旗下，拘谨和雷同被视为高尚的教养，虚伪和欺诈成为官僚生活中不可分离的组成部分，无怪乎李贽要慨乎言之：“其流弊至于今日，阳为道学，阴为富贵！”
如果李贽在某种程度上表现了言行的一致，那么唯一合理的解释也只是他在追求个性与行动的自由，而不是叛离他衷心皈依的儒家宗旨。李贽弃官不仕，别妇抛雏，创建佛院，从事著作，依赖官僚绅士的资助而生活，一直到他在法官面前坚持说他的著述于圣教有益无损，都不出于这样的原则。对现状既然如此反感，李贽就对张居正产生了特别的同情。我们无法确知李贽和张居正是否见过面，但是至少也有共同的朋友。李贽的前后居停，耿定向和周思敬，都是张居正的亲信。耿定向尤为张居正所器重，1578年出任福建巡抚，主持全省的土地丈量，乃是张居正发动全国丈量的试探和先声。两年之后，张居正以皇帝的名义发布了核实全国耕地的诏书，意图改革赋税，整理财政。这是张居正执政以来最有胆识的尝试，以他当时的权力和威望，如果不是因为突然去世，这一重大措施很可能获得成功。
张居正少年时代的课业，曾经得到当地一位官员的赏识。此人名李元阳，字中豁。他的一生与李贽极为相似：在中年任职知府以后即告退休，退休以后也以释门弟子而兼儒家学者的姿态出现。据记载，他和李贽曾经见过面。由于李元阳的影响，张居正早就对禅宗感到兴趣。这种兴趣促使他在翰林院供职期间就和泰州学派接近，并且阅读过王艮的著作，考虑过这种学术在政治上实用的可能性。也许，他得出的最后结论是，这一派学说对于政治并不能产生领导作用。也有人指斥张居正因为要避免学术上的歧异而施用政治上的迫害，最显著的例子是把泰州学派中的佼佼者何心隐置于死地，但李贽则力为辩护，认为何心隐之死与张居正无关。
然则，张居正用什么样的理论来支持自己的胆识和行动？他的施政方针，即便不算偏激，但是要把它付之实现，必须在组织上作部分的调整和改革。而文官集团所奉行的原则，却是严守成宪和社会习惯，遏制个人的特长，以保持政府和社会的整体均衡。张居正在理论上找不到更好的学说，就只能以自己的一身挺立于合理和合法之间，经受来自两方面的压力。他声称己身不复为己有，愿意充当铺地的席子，任人践踏以至尿溺，这正和李贽所说不顾凡夫俗子的浅薄批评相似。张居正写给李元阳的信，引用了《华严悲智渴》中的“如入火聚，得清凉门”两句偈语，也就是说一当自己把名誉的全毁置之度外，就如同在烈火之中找到了清凉的门径。这显然又是心学派的解释：对于客观环境，把它看成烈焰则为烈焰，看成清凉则为清凉。
张居正在政治上找不到出路，其情形类似于李贽在哲学上找不到出路。创造一种哲学思想比较容易，因为它是哲学家个人意识活动的产物。但是宣布一种政治思想，以之作为治国的原则，其后果则为立竿见影，它必须在技术上符合现状，才能推行无碍。在本朝的社会中，儒家的仁，类似于宪法的理论基础。全国的读书人相信性善，则他们首先就应该抑制个人的欲望，不去强调个人的权利。扩而大之，他们一旦位列封疆或者职居显要，也就不能强调本地区、本部门的特权。例如东南各省本来可以由海外贸易而获大利
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