平心而论，马士英在弘光朝秉政时毫无作为，弘光垮台后他投奔鲁王监国和隆武帝，招来的是一片讨伐声。王思任写的“吾越乃报仇雪耻之国，非藏垢纳污之地”一语脍炙人口，就是直接针对马士英的，责令他盂水自裁。张岱以鲁藩旧臣的身分上疏鲁监国，“恳祈立斩弑君卖国第一罪臣”马士英，“疏入，监国召岱至御榻前，诏以先杀后闻。岱即带兵数百人往蹑之，士英宵遁江上，见其私人方国安，挟制鲁王，斥逐张岱。令士英统兵汛地，协守钱塘。”。
马士英在唐、鲁两政权中几乎成了过街老鼠，他并没有因此就转投清军，而是尽力以抗清的实际行动来证明自己过去的不佳形像纯属别人的诬陷之词。清军档案证明，马士英曾经多次参加渡钱塘江攻余杭、富阳以及会攻杭州之役。1646年六月浙东兵败，马士英逃入四明山削发为僧，被俘就义，实属难能可贵。
多铎和宁死不降的弘光朝礼部主事黄端伯之间的一段对话颇能反映马士英的气节。黄端伯听说赵之龙、钱谦益等人献门率众投降，在城门大书数字“大明礼部仪制司主事黄端伯不降”因而被抓捕。在审问中：多铎拍案叱喝：“你认为弘光帝是何种人物，想为他一死？”
黄端伯朗言：“皇帝圣明！”
多铎问：“马士英，又怎样呢？”
黄端伯：“马士英，忠臣也！”
多铎又可气又可笑，问：“马士英乃大奸臣，何得为忠？”
黄端伯说：“马士英不降，拥送太后入浙江，当然是忠臣。”他指着已经剃发易服的赵之龙等人说：“这些人才是不忠不孝之人。”
相形之下，黄宗羲、张岱在鲁王监国政权处境艰难时，转入清军统治区遵制剃头，以明朝“遗民”自居，既不能见危授命，但是又要在世人面前保住自己正人君子的形象，所以，最好的办法就是大家形成一致默契，义形于色地痛斥“奸臣”马士英，把脏水泼到别人身上，自己身上的泥点自然就不算什么了，借此以显示自己才是正人
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