一部分开始逃离岭南前往尚在朝鲜国王手中的江原道和京畿道寻求庇护，但也有一部分不愿背井离乡，加入了朝鲜义军，对日军据点乃至汉人富农袭扰攻击。
因此，不少汉人、日本人以及女真人自发组织起来，团结一致对抗朝鲜义军，但他们主要是应对小股义军的袭扰，两股最大的义军——郑仁弘的“白袄军”和孙仁甲的“乞活军”则需要日军作为主力进行压制。
经过近一年的重点打击，加之各族民兵的有力配合，白袄军由最鼎盛时期的一万多人下降至六千人，且主要分布在全罗道中北部；乞活军长期在伽倻山一带山林中游击，对日军釜山、蔚山等地的威胁巨大，因此遭受的损失更为惨重，由最高峰时的一万五千余人锐减至三千八百余人，且随着日军包围网的逐步缩小，临阵逃脱的现象也越来越突出。
郑仁弘和孙仁甲面对日军的步步紧逼，自是不愿坐以待毙，且得到喜入忠续的保证，最终决定全军出动，在鸟岭到智异山的广袤战场上对日军和各族民兵发动袭击。
面对义军的四面出击，小笠原忠清和福岛正晴的镇压最初并未有太大效果，四月二十四日，两人决定在岭南地区发起总动员，为民兵配发武器装备，按照一比一的比例将其与日军合编，从而使参战兵力瞬间达到四万五千余人。这一方面增强了民兵的战斗力，另一方面强化了指挥，使得民兵不再各自为战，增强的军势的组织和协调力。
这种改编的成果是显而易见的，在日军与民兵的紧密配合下，朝鲜义军的在各地都在遭受重创，其擅长的游击战也难以开展，战争的天平开始逐步向日军倾斜。
四月二十六日，白袄军主力在顺天城郊遭遇惨败，郑仁弘被民兵首领王承安（后成为“辅明军”总大将，率部参与了萨尔浒大战，因功擢升大明光州总兵官）讨取，白袄军也随之溃败，再也不成气候；二十七日，联军对伽倻山发动总攻，孙仁甲于当晚被叛徒鸩杀，福岛正晴按照约定允许仅剩的八百余人出山，其中愿意留下的允许回老家耕作
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