芝龙的旗帜，在雇佣一些日本人或者西洋流浪汉，哪怕跑到朝鲜去抢一把，朝廷也绝对找不到他郑芝龙头上来。将船厂建在台湾，可以大幅度的减少被发现的风险。
其次则是技术方面的考虑了。如今中国大陆上并没有太多适合制造上等的战舰的木料了。比如用来建造帆船龙骨的整根的上百英尺长的巨木，比如适合用来做西式帆船的更高的桅杆的木料，如今在大陆上都很少见了。但是在还没有完全开发的台湾，情况却完全不同，在那里的森林里，还有很多适合用于造船的参天大树。将船厂建在台湾也便于就近使用台湾的木材。于是郑芝龙做出了这样的决定：将原本在北港的修船厂扩建成能建造巡航舰的造船厂。同时在北港筑城，以巩固这个据点。