的要害。攻击者预料，高启愚为申时行提拔，在这严重罪状面前，申必然要出面为高辩护，于是就可以顺水推舟地搞垮申时行。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已经倒台则又振振有辞?可见他们也另有其“阴”。他们好几个组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵表示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。
于是圣意乃决，申时行和许国都被挽留。皇帝特遣的宦官到两位阁老家里央请他们出来视事。攻击者因之不能再加置喙。但是为了保持文官间的平衡，也为了继续鼓励监察官尽忠报国，对攻击首辅的人也不便过重处罚。直到数月之后风波平息，万历才把其中最激烈的分子各降三级，首先参劾高启愚的御史，也调到外省；至于高启愚为生事之端，即便从轻处理，也不能认为全无过失，可以令之置身事外，乃以“出题谬妄”的罪名，被褫夺文官身分和以前恩赐的祖先浩命。
张居正一案的余波，到此才完全结束。故太师的头衔既然被褫，家产也已没收，儿子进士翰林的名称又经一笔勾消，今后即再暴露他所培植的私人亦不能使皇帝激动，自此朝廷内的文官还要互相攻击，则必须另找新的题目来做文章，而不能再在张居正的骄奢无道或者窥窃神器上大加发挥了。
等到这一案完全结束之后，申时行才有机会平心静气地研究事情的真相。在所有反对他的人中，真正关心张居正的儿
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