日的给事中参劾申时行，参劾的措辞还十分严厉，说他“遁其辞以卖友，秘其语以误君。阳附群众请立之议，阴缓其事以为内交之计”，“陛下尚宽而不诛，高庙神灵必阴殛之”。这意思说，申时行是一个十足的两面派和卖友误君的小人，即使皇上不加处罚，洪武皇帝的神灵也会对他加以诛戮的⑦。
万历皇帝开始并没有体会事情的严重性。他降旨勒令这个给事中降级调往外省，并命令申时行照常供职。申时行准备遵旨回到内阁，然而文官们的情绪已经如火如荼，不可遏止，一个接着一个递上了参劾申时行的本章。很明显，申时行无法抵御这些道德上的控诉，他的威信已经扫地以尽，再也无法取得同僚的信任。这种局势一经明朗，他除了辞职以外，别无他途可供选择。在这种情况下，皇帝的慰留也无济于事。要是再恋栈不去，他就必然成为张居正第二。
在听任申先生离职之前，皇帝不能没有必要的措施以重振自己的权威。那个发难参劾申时行的给事中由降级外调而加重为革职为民。这是因为他受到了文官的表扬，而要皇帝收回处罚他的成命；而在皇帝那里，虽然无法挽留群臣所不齿的大官，却必须表示有能力斥退他们所欣赏的小官。其次轮到了二辅许国，多年来他和申时行在表面上似乎同心协力，这一事件暴露了他对申时行的嫉忌，而他故意公开申时行的秘密揭帖，说明了他的秉性并非忠厚，这种人自也不应在御前担任要职。由此，许国也被参劾，皇帝批准他“回籍调养”。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈。
在这一场悲剧性的冲突之中，没有人取得胜利。立储一事竟惹起了如许风波，使两个大学士相继离职。既然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因为怕把事情弄僵而不可收拾。万历也很清楚，无论他多么宠爱郑贵妃和常洵，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，这是与他所崇奉的佛教宗旨相违背的，而且流血之后也未必就能如愿以偿。基于双方的这种考虑
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