信任并未动摇；同时与俺答所订立的和平条约至此已2o年仍然有效，不因局部冲突而废止。首辅又提出，所有官军的防御不可松懈，并应对卜失兔和火落赤两部特别戒备。再之则建议派遣一个重要的文臣去各边区协调全部战略处置。这次在御前的谈话既经送交午门传抄公布，则中枢的决心已定，不容置喙。因之磨拳擦掌的主战派乃不得不稍事收敛。（详附录一）4天之后，原来掌管京军训练、带有兵部尚书衔的郑锥被派为北方各镇的经略。这时甘肃、青海边境的形势已经稳定，本朝的军队没有发动攻击，蒙古铁马大举内犯的可能性也没有成为现实。1591年初，郑锥乘卜失兔企图与火落赤会合的时候，突然袭击其侧翼，截获了大批牛羊和其他给养，同时又按照申时行“清野”的指示，让青海的很多回藏部落他移，并把蒙古人所建造的喇嘛庙和最近运来的木材付之一炬。很多草地也以“烧荒”的方式加以破坏。撦力克看到继续往西南移动没有前途，也就率领主力返回黄河东北。此后蒙古人还将与本朝的将士在各处作小规模的交锋，但是，合并长城以外各部并征服回藏以构成一个游牧民族大集团的计划，就只能永远放弃了。
首辅申时行的执政纪录相当复杂。他对边境问题的处理是否全部合适，即令时至今日，也不是易于判断的。但是有一件事情总应该提到，就在这1587年即万历十五年，辽东巡抚注意到一个建州酋长正在逐渐开拓疆土，吞并附近的部落。他觉察到养虎将要贻患，就派兵征讨，但是师出不利。他认为失败的原因，在其部下开原道参政不照命令行事，而坚持其个人改剿为抚的主张。巡抚参劾这参政的奏折一到北京，被参者反而取得到了京中监察官的同情，他们又出来参劾这位主剿的巡抚。申时行认为这完全是一件小事，不值得引起内外文官的不睦；所以他又以和事佬的身份出面调停，建议皇帝视双方的互相参劾业已彼九此对消，也不再作是非可否的追究。于是这位酋长今后得以为所欲为，而且还能够继续利用本朝内外官员的不和来发展他自己的千秋大
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