戚继光着手组织他的新军，兵源不是来自军户和卫所，而是另行在浙江省内地招募的志愿兵。由于政府已深切理解事态的严重性，所以不得不批准他的组织新军的计划，并且加征新税作为招募和训练的费用。对于这种支持，戚继光在对士兵所作的训话中就告诫他们应该知所感激。他说：“你们当兵之日，虽刮风下雨，袖手高坐，也少不得你一日三分。这银分毫都是官府征派你地方百姓办纳来的。你在家那个不是耕种的百姓？你思量在家种田时办纳的苦楚艰难，即当思想今日食银容易。又不用你耕种担作，养了一年，不过望你一二阵杀胜。你不肯杀贼保障他，养你何用？就是军法漏网，夭也假手于人杀你！”
道德义务的劝说加上群众固有的宗教信仰，使戚继光得以在所招募的新兵中建立铁一般的纪律。上文所说的“连坐法”虽然不可能经常被不折不扣地执行，但其杀一儆百的恐吓力量已足以使部队在强敌之前不易击溃。他所制定的赏罚原则并不完全决定于战斗的胜负。即使大败，有功者仍然要给予奖赏；相反，即使大胜，作战不力和临阵脱逃者仍然要受到处罚。
在他的一本奏折里提到1562年的一次战役：他命令部队夺取一座倭寇占领的石桥，第一次进攻失败，一哨军官36人全部阵亡。第二哨继之而上，又损失了一半的人员。这时剩下的官兵企图后退。在现场督战的戚继光手刃哨长，才使攻势得以继续不衰，最终击破敌阵，大获全胜。而这次胜利，也就成了他一生中最值得纪念的事件之一。
这种严格的纪律固然是取得胜利的必要保证，但是它的残酷性也实在使人不寒而栗。士兵离队小便就会受到割去耳朵的处罚，而且据传说，戚继光的第二个儿子由于违犯军法而被他毫不犹豫地处死。这样的严刑峻法也许已经离开了通常的人情，但是，戚继光的这一治军方针终于造成了一支坚强的部队，后来他调任蓟辽总兵，有一次在大雨中向全军训话，惟独他从南方带来的3ooo名军士能几个小时屹立不动，如同没有下雨一样。
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