最后在小智的机智之下，原本充满了分歧的三圣鸟，终于紧紧的团结在一起，各自利用自己的技能配合战斗，在经过足足1o多分钟（电影时长）的战斗，成功的打破了洛奇亚的护罩，在洛奇亚的眼睛边上，造成了一条伤口。
大战过后，洛奇亚履行诺言，放了三圣鸟一条生路，不过三圣鸟之后必须要相互之间互相配合，重新恢复三圣岛附近的生态平衡，让死去的水族们重新繁衍起来，弥补他们犯下的错误。
同时洛奇亚也给了小智一个芦笛，告诉他，他是它见过的最聪明也最勇敢的人类，以后他只要在海面上吹响芦笛，洛奇亚就会出现，帮助小智一次。
至此，《口袋妖怪·洛奇亚爆诞》的主要剧情，就基本结束了。