万历四十三年），建州已经吞并除叶赫之外的所有女真部落，而且蒙古、汉人也多有归附。麾下牛录已有百倍于起兵之初的规模。
因此，努尔哈赤于该年又增设四旗，将原来的旗帜周围镶上其它颜色。黄、白、蓝旗镶红边，称作镶黄、镶白、镶蓝旗；红旗则镶白边，称作镶红旗。
它们与原本的纯色的正四旗合称“八旗”，此后旗色再未有变化。
当时各旗尚由大汗与各旗主贝勒分别掌控。
在八旗成立之初，旗的名目上并无民族属性之分。
在清太宗皇太极即位后的1629年（明朝崇祯二年，清天聪三年），才开始有蒙古二旗的记载。
从努尔哈赤建立后金天命元年到天聪八年，后金的兵制是典型兵民合一的八旗制度。
八旗初建时兵民合一，全民皆兵，凡满洲成员皆隶于满洲八旗之下。旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。
入关前，八旗兵丁平时从事生产劳动，战时荷戈从征，军械粮草自备，没有军饷规定。有典型的部落兵制的特点。
天聪四年皇太极说：“我国出则为兵，入则为民，耕战二事，未尝偏废。”当时，兴京（今辽宁新宾）内城居宗室勋戚，外城居宿卫亲兵万余。此外远近十余万户，散处辽河东西，无事耕猎，有事征调，征调时所发行粮也很有限。
努尔哈赤于1615年完成满八旗的全部编制。（即正黄、正白、正蓝、正红、镶黄、镶白、镶蓝、镶红八旗）。
八年改称左翼兵和右翼兵。九年，后金在征服察哈尔蒙古后，对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审，正式编为蒙古八旗，旗制与满洲八旗同。汉军单独编为一旗，其制规定：每300人为1牛录，设牛录额真1人；5牛录为1甲喇，设甲喇额真1人；5甲喇为1固山，设固山额真1人。
1615年，当时编有满洲牛录308个，蒙古牛录76个，汉军牛录16个，共400个。此时所编设的八旗，
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