军事供应和政事参合为一元。军队的粮饷补给，来源于地方政府的侧面供应。按理说，户部是国家财政的中枢，应该统筹全局，但实际上却类同于一个大型的会计机构，只是在账目上监督各个机关和各个地方政府的出纳。各个地方政府按照规定的数额把给养直接运交附近的军事单位，军区和中级以上的后勤机构。一个府县，可能输送食粮及银两于十几个不同的小单位；一个卫所，也可能接受十几个府县送来的粮食和银两。这种方法一经成为定制，就如盘根错节，任何高级单位也无法把补给点和补给线作合理的通盘改组，以适应形势变化的需要。于是供应。不能足额的情况就时有发生。试想，由十几个单位分别按固定的数量供应，总难免有个别单位由于意外的情况而不能如额缴纳；而其他单位则并不负有补足缺额的义务，即或有这样的义务，也不见得就有这样的能力。所以在开国一百余年以后，书面的规定早已和实际的详情格格不入。纵使有局部的调整，充其量也不过见效于暂时而终于不免捉襟见肘。
如果查阅官方的史籍，书上都明确无误地记载了全国的补给已由中央统筹分配，而实际的执行却全赖互不相属的下级机构。地方政府和地方军队之间的补给关系已如上述，即使是运往北京的漕粮，其运输的情况也十分奇特。所谓漕粮，就是从南方大多数府县中征收田赋所得的，通过大运河而运往北京的粮食。按明文规定，漕运由专业化的军士负责运送，运送的军士即称之为运军。全部运军有官兵12万人，分驾运粮船12ooo艘。但是这个庞大的队伍却没有一个统筹后勤的机构来做周密的安排，以使其秩序井然地运转。粮船直接在江南的水滨接受纳税者所缴纳的谷米，然后解缆北运。一艘粮船由一个下级军官管理，并直接对中央政府负责。在所运的粮食送达北京附近的张家湾仓库以前，粮船上全体官兵的人身自由、生命财产甚至妻子儿女，都等同于保证这次运输安全的抵押品。因为除此而外，别无更好的方法可以作有效的管理。至于粮船的制造，也同样表现了散漫和缺乏组织的特性。这些粮船的法定使用期限为1o年，过期就需要重新建造。在淮河沿岸设有“船厂”一处，是全国最大的造船场所，其产量的高峰为年产7oo艘以上。然而这个所谓船厂实际上由82个小型船厂拼合凑拢，各厂之间各自经理。虽有一个类似于总管理处的机构，它却无统一调度人力和物资的权能，自然也更谈不上有效的技术分工。
不消多说，组织上的低能必然造成装备上的落后。本朝并不完全缺乏这方面的能工巧匠，但是他们都被集中到皇城里，专门为皇帝的禁卫军制造精美的甲胄。一般的野战军只能眼用衬以小铁片的棉布祆，或者由纸筋搪塞而成的“纸甲”。至于士兵们使用的武器，也大多是由各地府县作为赋的一个部分制造缴送，质量既有欠精良，规格也谈不上标准化。
以上种种落后的情况，使本朝野战军的战斗力几乎与农村的民兵相去无几。与这种情况相一致的，是对于将领的选拔。在当权者看来，一个将领所应该具备的素质是勇敢粗豪而不在于头脑清晰。上文所提到的刘綎，外号人称“刘大刀”，根据夸大了的描写，他所用的镔铁大刀重12o斤，可以在马上“轮转如飞”。和刘綎同在辽东战役中牺牲的杜松更为粗蛮卤莽。他在作战时身先士卒，可是一旦战败，就会毁坏自己的兵器甲胄以发泄怒气，而且不断声称必须自杀或者落发为僧，毫无镇定从容的大将风度。因之，此人被努尔哈赤称为“杜疯子”。
军官的任命多数以“世荫”的形式而继承父业。任命的程序相当复杂，大致是高级将领的子孙需要降几级继承，下级军官则无须降级。从本朝中期开始，情况稍有改变，自兵部尚书刘大夏奏准推行武试，任何有志于成为军官的人只要考试及格就可以取得进身之阶。但事实上由考试及格充当军官并上升为高级将领的，可谓绝无仅有。而且这种武生的考试又重在刀枪弓马的是否娴熟，由文官主持的笔试，其要求不过是粗通文字而从未涉及军事科学。各处所开办的“武学”，也以儒家经典作为主要的讲授内容，其教学进度，以“每日总授不过二百字”为原则。
用这种方法培养出来的高级将领，几乎很少有人具备运筹帷幄的谋略。其实这也正是文官集团所预期的目的。将领既然大多属于一勇之夫，当然就有必要任用文官作为总督巡抚，让他们来指挥各级武官。在总督巡抚之下还有“兵备使”或“海防道”，他们名为监察，实则握有调度攻防的权力。在军政方面，人事的任免以及补给、交通各项也统统由文官主持。
这种军事体制的
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