重大损失，最终撤退回国，庆长之役结束。文禄?庆长之役中，丰臣氏及参与战斗的大名消耗了极大的财力，而德川家康由于留守日本本土，并未参战，因此实力得以保存，为之后取代丰臣氏奠定了基础。
关原合战，元和偃武
庆长3年（1598年），丰臣秀吉病逝，其幼子丰臣秀赖继任家督，全日本顿时陷入混乱。自朝鲜半岛撤兵回国的丰臣氏诸将由于各自利益的问题，对以石田三成为首的五奉行大表不满，甚至试图起兵暗杀。另一方面，五大老之首德川家康私结诸侯，任意分封领地，激起其余四位大老的不满。庆长4年（1599年），四位大老中最有影响力的前田利家病逝，丰臣家臣与德川家康关系迅速恶化。庆长4年（1600年），也就是秀吉死后两年，德川家康因上杉景胜家老直江兼续的诉状《直江状》，起兵征讨上杉景胜，是为会津征伐。
丰臣家重臣、五奉行之一的石田三成认为德川家康违反私战禁令，召集各地大名于大坂城发表《内府违反条文》，随即起兵讨伐德川氏。德川家康则将上杉战事交给次子结城秀康，自己则率领大军与支持他的丰臣武将回师应对石田三成。庆长5年（1600年），两军主力最后在近江一带进行了决定日后天下形势的关原之战。
开战之初，以石田三成为实质领导（名义上的统帅则为毛利辉元）的西军攻势凌厉，打得以德川家康为领导的东军喘不过气来。可是到了大约中午时分，家康下令以火枪队向其事前已收买、但是在战场上按兵不动的的西军大将小早川秀秋射击，迫使他与吉川广家等西军大将阵前倒戈，直逼西军主阵。至此战况急转直下，西军从稍占优势转为完全溃败。在日落之前，这场大战便以东军大胜告终。几天后，石田三成被捕，他与小西行长以及安国寺惠琼三人作为首要战犯被处决，德川家康实质上取代了丰臣氏的政权。
庆长8年（1603年），德川家康接立天海和本多正信的意见伪造族谱,欺骗天皇赐德川家康征夷大将军一职，江户
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