《黑客帝国》三部曲为观众们设置了一个极端虚拟的背景，那就是整个未来世界就是一个由机器维护的数字帝国，人类被机器和营养液所眷养，不时被邪恶的势力所差遣。
第一部的故事比较好懂，只要智商在线并且认真观看的人都能明白，在人类的科技文明发展到某一天时，机器的人工智能已经开始超越了人类所能控制的范围。
于是，机器便开始挑起了人类的战争，最终机器胜利了！
地球上的人类分成了两个部分，一部分被驱逐到地心深处一个名叫锡安的溶洞中，他们继续跟机器进行着战斗，想要摧毁机器世界，重新获得地球的主宰权。
而另外一部分则是变成了机器的战利品，他们从一生下来就被养在机器制造的试管里面，虽然也会生长发育，但是却活在极其创造的一个虚拟世界中，这个虚拟世界就是矩阵。这部分人的作用就是给机器提供生物电，让机器能够拥有必须的能源。
锡安的人类不断地想法设法解救矩阵之中的人们，告诉他们真相，加入到反抗机器的队伍里面去，这部分人以墨菲斯为代表！
因为墨菲斯这些人来自矩阵，他们脑袋上保留有插头，可以重新接入矩阵，当墨菲斯遇见先知后，先知告诉他想要战胜机器，就必须找到一个人，他才是真正的救世主。
在这样的背景下，电影的真正主角，也就是救世主尼奥出现了！
这名叫做尼奥的黑客从电脑上接到一系列讯息，循着信息他和一名叫做崔妮提的女子接头。崔妮提告诉尼奥，他正处在危险之中，母体正在找他。
第二天，传说中的黑客墨菲斯给尼奥打来了一通电话，同样的信息也是有人要来抓他！说话间，一帮不怀好意的黑衣人气势汹汹的冲了进来，虽然有墨菲斯的精确引导，但尼奥却依然被黑衣人给逮捕了。
黑色西装、墨镜外加耳麦，这副打扮活脱脱的跟保镖有些类似，黑衣人满不在乎的强迫尼奥帮他们找到恐怖分子墨菲斯，甚至
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