用一只机械昆虫放入尼奥的肚脐眼里面。
在一连串恐怖体验之后，尼奥从噩梦中惊醒，这时墨菲斯打来电话，约尼奥出来见面。墨菲斯对尼奥说，想必你也已经察觉到，这个世界有些不对劲，冰之岛他心中的一个疑问：母体是什么？
墨菲斯给尼奥一个机会，让他见识一下母体的真面目，拿出了两粒药丸，红色的药丸会带来真相，蓝色药丸则是让他可以回到日常生活，忘记现在发生的一切。
这里是林翰最欣赏的台词部分，“你是否做过这样的梦，尼奥？梦中的一切都真切得如同现实一样。要是你无法从这样的梦中醒过来会怎么样？你怎么确定自己能分清梦幻世界与真实世界？”
这里跟先前林翰写过的小说《盗梦空间》有一定的相似之处，梦跟现实如何区分。
言归正传，尼奥在吞下了红色的药丸之后就从睡梦当中醒过来，他诧异的发现自己**身体躺在培养皿里面，身上插满了各种管线，环顾四周，目力所及之处，都是这无穷无尽的培养皿，每个培养皿里面都躺着有人类！
震惊的尼奥被冲进下水道，墨菲斯的飞行船将他救起，然后开始给他讲解世界的背景，第一位救世主建立了锡安，当他死后，先知预言了他会再度降临，摧毁母体，结束人和机器的战争，而尼奥就是救世主再世！
连接上管线，尼奥直接开始学习各种武术，并且在接下来和墨菲斯的对话中了解到自己可以做的更快，甚至躲开子弹。
在接受了一系列的训练之后，墨菲斯带着尼奥进入母体，面见先知。可先知却含混地否认了尼奥是救世主，这让尼奥心里有些释然。
就在一行人准备下线时，却中了母体的埋伏，作为母体杀毒软件的黑衣人特工早就在尼奥他们下线的地点设下重重包围！
墨菲斯为了掩护尼奥被捕，同时飞船上的队友也遭到暗算，他们当中出了一个叛徒。
飞船上的墨菲斯还处在睡眠接线当中，如果现实中的他死亡或者掉线的
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