胥山之战，成为平叛之战的转折点，叛军全面进入防御阶段，并逐渐走向灭亡。
叛军的二十五万大军，最后收拾残兵败将只得八万余人，也不敢再入秀州城，而是直接退往杭州而去。
秀州城内只余下五千人坚守城池，结果士气高涨，乘胜而来的宋军，只花了一个时辰便攻破了秀州城，其中营指挥使韩世忠，更是赤膊上阵，单刀杀上城头，于乱军之中取了守将朱言的人头，令叛军群龙无首，迅速崩溃。
农历五月初，宋军左路兵马在秀州稍作整顿之后，又聚集了崇德各地前来助战的厢军，合计十五万人，对杭州府境内的叛军进行反扑。
杭州府境内，八万多叛军直面十五万宋军的兵锋，然而叛军在军力对比上，已是不足，居于劣势，再加上装备和战斗力的劣势，更是无力阻挡宋军的前进，只得全面退守杭州城。
然而一路败师之下，丢弃粮草辎重无数，已是粮草不足，八万人若困守一城，则更加被动。
谋士吕将进言“立即撤出杭州”，认为这是“唯一可行之计”，方腊却不愿放弃血战得来的杭城。
童贯接受杨可世的围三阙一的计策，将杭州城北面、东面和西面团团围定，只留下南门空出。随着时间一天天过去，方腊终于在粮草将尽、伤亡日增的情况下，才先行与重伤初愈的方百花率六万部曲撤离杭州打宋军源源不断前来助战的厢军“外援”，留下方七佛部坚守杭城。
方腊的大军在阻截和攻袭厢军前来助战的外援的战斗中，取得一定的战绩，而且获得了大量的粮草辎重补充，却不能改变杭州之战的大局，毕竟围城的宋军主力是西军，而非地方厢军。
半个月之后，城内粮草断绝，方七佛被迫率两万残部开城再次自南门突围。
这一次，宋军早就严阵以待，在杭州南门设下了天罗地网。
一场激战之后，叛军十不存一，只剩下一千余人随着方七佛杀出重围，经富阳等地，退回青溪。
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